Supongo que tendrás espaciado automático seleccionado. Por si acaso no lo tienes, selecciona todos los compases y vete al menú Utilities/Music Spacing/Apply Note Spacing. Si después del espaciado sigue quedando mal, puedes mover las alteraciones sin mover las notas con la herramienta Acidental Mover Tool de la paleta de herramientas especiales. La seleccionas. pinchas sobre el cuadrado que sale en la alteración y mueves con las flechas. También puedes cambiar el espaciado entre accidentales y notas desde el menú Document/Document Options/Accidentals, variando los valores que vienen en Space. El plugin JW Note Spacing también suele ser útil para mejorar el espaciado y las colisiones (https://www.finaletips.nu/index.php/download/category/10-plug-ins-for-mac).