Pues esto me suena a que tal vez no estes usando un software original, este tipo de problemas y varios mas los dan los softwares crackeados, ahora en el caso de que tu software sea original, no tendras lleno el Audio disk?
probablemente en el mixer del PC no tengas habilitada la entrada de audio que usas para grabar, tampoco has dicho mucho sobre la tarjeta que usas para grabar, ahora como decía con antelación, me refiero en el mixer de windows y no al mixer de tu programa de grabación
Puede ser tambien que tengas un error de sincronia y no te hayas dado cuenta... cheka en que bitaje y en que velocidad estas grabando. por lo general (y para que no le falles) asegurate que estes en 16Bits a 44100HZ