A mí a veces me ha pasado algo similar, bueno, no con envíos a pistas de FX sino con envíos MIDI a pista con VSTi, y no me ha quedado otra que duplicar pista(s) que, exactamente con los mismos parámetros, sí funcionaban. Me da que es algún bug de Reaper, porque no le veo otra explicación.
File -> Project settings -> Advanced -> Allow feedback in routing
A ver si es eso...
#2 me paso eso con el battery, queria tener en el TCP las pistas con el midi pero en el MCP las pistas de audio, lo arreglé con lo que puse ahi arriba, la casilla del feedback viene por defecto quitada para evitar acoples...