He estado buscando por foros y demás y no encuentro a nadie que haya tenido este problema lo cual me parece extraño.
Reaper me ha estado haciendo jugarretas en mi último proyecto y para mi desgracia me di cuenta al final.
En pocas palabras.. para ejemplificarlo y que se entienda.. si en un proyecto vas realizando modificaciones y ajustes (pongamos 20 modificaciones) reaper te va deshaciendo las primeras que vas modificando de modo que si estás 3 horas dedicado a un proyecto no estás haciendo literalmente nada, estás dando vueltas en círculos y lo peor es que ni te enteras.
No sé si tendrá que ver con algo de temas de autoguardado, lo tengo ajustado para que guarde automáticamente cada 15 min.