Saludos hermano, me uno a tu condición, de verdad es un conflicto preocupante. Tengo una Fast Track Ultra 8R y trabajaba con Nuendo 3 sin problemas, grababa tranquilamente a 48Khz y 32 bits. Ahora me he cambiado a Nuendo 4 y todos los proyectos hechos en Nuendo 3 mas cualquiera nuevo que quiera empezar en Nuendo 4 solo me permite trabajarlo a 44,1Khz. Configuro el reloj interno de la fast a 48Khz y al abrir Nuendo me lo cambia a 44,1Khz sin dejarme opciones de más nada, eso sin nombrar que no he podido trabajar mis proyectos de nuendo 3 por que se reproducen lentos por la baja de frecuencia. Muy similar a tu caso, solo que los mensajes que a mi me da es "Imposible ajustar la frecuencia de muestreo, es posible que esté ajustado a una sincronia externa" y solo para blos proyectos de nuendo 3.
Me pregunto si será configuración del Nuendo 4, con el 3 podia elegir la frecuencia que quisiera pero con el 4 no, la interface usada en ambos casos ha sido la misma fast track. Esperemos encontrar solucion al respecto.