Madre mía, estoy quedando como el experto organista y nada más lejos de la realidad!!
A ver, imagino que tanto el C1 como el controlador tendrán 9 tiradores para el upper, 9 para el lower y 2 para el pedal. El upper manual está asignado al canal midi 1, el lower al canal midi 2, y la pedalera al canal midi 3.
Los CC#s van independientes por cada canal MIDI, con lo que podrás configurar que por el canal uno emitan los primeros 9 tiradores del doepfer, por el 2 los 9 siguientes, etc. Los tiradores van a emitir el mismo CC#, pero por diferentes canales. Como por defecto los manuales y pedalera están cada uno en un canal, simplemente hace falta que 9 tiradores del doepfer emitan por el canal 1, 9 por el canal 2, y 2 por el 3. ¡Vaya lío de doses y treses!
La cajetilla creo que la configuras con un usb host, pero no estoy seguro, descárgate el manual y le echas un ojo.
En principio remapear está dentro de la parte de "lo básico" del manual, así que asumo que debe ser bastante fácil en la práctica, en plan: abrir el editor y seleccionar canal MIDI1, quiero que los CC#s números tal a tal se conviertan en los números tal a tal.Luego canal 2. Y ya.
Pero vamos, que no soy un experto!! De todas formas comenta por aquí cómo te funciona por si alguien más se encuentra en tu misma situación algo más adelante (y a parte porque así me entero yo también si lo has resuelto)