Si me dices que pasa sólo con los proyectos antiguos, seguro que hay un tema de corrupción en el SX2, pero claro, ahora no te sirve de nada que el Nuendo te funcione bien desde cero...lo que necesitas es que te funcionen los que ya tienes.
Quizás el camino más corto sea el camino más largo...me explico; si coges un proyecto corrupto, y exportas por una parte el MIDI y el audio (bueno, el audio seguramente no te haría falta, puedes importar las pistas desde la carpeta), y por otra te apuntas que plugin tienes en cada pista y en el master, y en una carpeta e guardas la config de cada uno como preset, y haces lo mismo con los VSTs, crear un proyecto en nuendo limpio y volver a crearlo desde cero no creo que te lleve más de media hora.
Es que los fallos que están comentando son de corrupción de algo, se pasa de lo que puede ser un fallo 'normal', son muchos, muy variados y encima cada día te salen nuevos...
Como te digo si te organizas y creas nuevos proyectos en nuendo te costará menos tiempo, creo...prueba con uno a ver.