La asignacion midi de los plugins dependerá de los plugins, si tienen modo learn o no, o si vienen con una lista para asignarla manualmente de tu controlador, o si tu controlador tiene plantillas para ellos ...
La del mezclador , transporte etc. de cubase dependerá de la configuración de la programación y asignación de controlador en la ventana de "configuración de dispositivos/ dispositivo remoto" (capítulo extenso, para abreviar, has de configurar o coger una plantilla ya hecha de un "generic remote controller", o si dispusieras de una mackie control o uno con modo emulación mackie control pues cogerías esa plantilla, etc).
La automatización de los parámetros (la tecla "W" que mencionas) es relativo al mezclador o eqs etc del propio cubase, así a grandes rasgos.
Para grabar movimientos de controlador para un plugin, simplemente graba encima de la pista midi (mezclando y no reescribiendo), o grábalo a la vez en una pista aparte y asígnale el mismo plugin, así tendrás una pista con las notas y otra con los controladores .. no es necesario, ya que se pueden editar a la vez notas y controladores, esto es a gusto como quien dice.