Diría que te será imposible realizar lo que deseas.
El formato OGM en realidad es un archivo "contenedor". Dentro de este archivo hay, hablando para entendernos, un archivo o varios de video, uno o varios de audio y otros archivos diversos. Eso hace que sea un formato genial para ripear DVD con diferentes pistas de audio o video (comentarios del director, subtítulos, idiomas, videos alternativos...).
Diría que no hay forma de montar un mp4 así con los subtítulos. Lo que sí puedes hacer, es sacar del archivo contenedor todos los archivos que haya y después juntarlos con programas específicos:
1) Busca en el Google programas para separar archivos de un OGM.
2) Separa la pista de video y la de los subtítulos y únelas con algún programa para insertar subtítulos.
3) Graba el mp4
4) Si funciona, me lo agradeces. Sinó, me abucheas...
Más información:
OGM en Wikipedia