Hola
Pro Tools no borra audios, lo que pasa es que no todos los archivos de audio de tu sesion estan dentro de la carpeta de Audio Files de tu sesion algunas veces los referencia de otro lugar...en fin para no entrar en detalles por el momento del porque...
lo que tienes que hacer es salvar tu sesion como "SAVE COPY IN" esto lo que hace es consolidar todos los archivos de audio, midi o video en una nueva sesion, inclusive te permite decidir que quieres o no copiar y cambiar si asi lo deseas los parametros de la sesion 16 a 24 bits, etc.....
Esta es la mejor manera de salvar una sesion para asegurarte de que todos los archivos estaran donde deben de estar....mas de uno han perdido empleos y trabajos por no seguir este procedimiento...
espero te sirva
Saludos