El widi lo hace muy bien.
Y si no queda perfecto puedes editar los resultados manualmente a traves de un "pianoroll" con el espectro debajo. yo lo uso desde hace buen tiempo.
no tiene que ser monofonico. puedes sacar acordes y todo eso.
Eso si no esperes pasarle una cancion mezclada y que eso te devuelva el midi por canales. eso si creo que es imposible.
pero puede darte una buena base. preferiblemente si tienes tomas separadas de cada instrumento.
si no, el oido es el mejor aliado.
Asi es "Turina3", ese link es el prototipo del nuevo "Melodyne" que ya recomendo "susone" previamente... mas esta version seria capaz de distinguir notas de un audio de origen polifonico. Sin embargo lo que han pedido en este hilo es mas simple y la version actual de "Melodyne" ya lo hace sin problemas.