puede ser que el plugin tenga latencia y por eso se produce el problema de fase... prueba exportandolo y comprueba si sigue dando ese problema.
tambien puedes probar a meterle el plugin en los dos canales. Uno de ellos sin hacer nada lógicamente a ver que pasa.
Segun lo que tengo entendido se producen muchos problemas de fase cuando utilizas una eq con q ancha, eso se soluciona (o una de las soluciones) es poner q estrecha y poner otra q estrecha en el doble o la mitad de la frecuencia, otra solucion es dividir el canal por frecuencias y las frecuencias bajas ponerlas en mono..
Tu problema es algo distinto, y mas radical, que plugin es?
también tienes que tener en cuenta que no por que tenga un poco de cancelación esta mal...
#2 exacto, si suena bien por qué hacerse problema? Con respecto a los eq lineales, dudo que encuentres diferencia con los convencionales. Saludos.