Hola.
No soy usuario de linux, pero alomejor esto te puede ayudar.
Con un ecualizador puedes hacer un barrido de frecuencias y disminuir sonidos molestos. Con una puerta de ruido puedes también mejorar algo el sonido. Fíjate en los procesadores que incluye Ozone e insértalos en línea en tu secuenciador.
¡Un saludo!