Si, es posible hacerlo con After Effects y las opciones de mascara.
es medio truculento el asunto pero se puede.
tambien hay un programita que no se si se consiga llamado Ulead Morph Studio.
es bastante sencillo y te permite hacer muy buenos morphin´.
recuerda que el morphin se usa mas o menos como una transición para pasar de una imagen a otra, así que solo necesitas el ultimo cuadro de una secuencia y el primer cuadro de la siguiente y con ambos cuadros realizas el morphing, entre mas parecido sean ambos cuadros mayor y mas impresionante será el efecto final.
Okey, a fin de evitarte un poco el trabajo de buscar.
acabo de encontrar esta pagina donde hay un morpheador gratuito
http://www.debugmode.com/winmorph/
en la pagina dice: Works both as a standalone application and as a plug-in for various video editors to get best of both worlds.
Eso significa que "trabaja como programa autonomo y como plugin para varios programas de edición de video con lo que obtienes lo mejor de ambos mundos".