Por cierto es el Cubase LE 4
Pues es prácticamente imposible saber de donde viene el fallo..tienes la opción de ponerte en contacto con el servicio de soporte de steinberg e intentar que te lo solucionen. Supongo que habrá algún tipo de registro en tu sistema donde ellos puedan "leer" o detectar donde se produce el fallo.
Otra alternativa es probar y probar combinaciones de configuración hasta lograr detectar el fallo. Por ejemplo:
-cambiar de controlador en "configuración de dispositivos/sistema de audio VST.
-probar otra versión de los drivers de la tarjeta
-empezar otro proyecto en una unidad de disco duro diferente
-cambiar la frecuencia de muestreo y los bits "formato de grabación" en : proyecto/configuración de proyecto
-Probar con otra tarjeta (aunque sea la del ordenador) para ver si es culpa del ordenador o de la tarjeta...
Vamos...suerte!