El mp3 es un formato de audio "comprimido" para uso en ordenadores, que lo que en realidad hace es podar frecuencias graves y agudas eliminando calidad y peso al archivo de audio, por lo mismo es muy fácil que cualquier computadora y reproductor software lo reproduzca ya que esta optimizado para el ordenador.
El Wav es un formato de audio sin compresión tal y como entra del conversor A/D así se graba o así se importa de una libreria, por lo mismo que no hay ningún sistema de compresión o recorte de frecuencias de por medio, pesa 10 veces mas que un mp3 y por esto le cuesta mas trabajo al ordenador o al software, grabarlo o reproducirlo, ya que no esta pensado para reproducirse en un ordenador sino en un audio CD osea en el CD rom del ordenador o cualquier CD rom hardware dedicado, del automovil, casa, etc.
Ahora por otra parte el bounce, renderizado, etc. rapido por medio de un algoritmo que hace el DAW siempre a tenido problemas y no solo en fruity loops, en sonar, pro tools, etc. si no sale cortado, sale con ruiditos raros, etc. para eso algunos DAW's utilizan un sistema de renderizado lento que aun que es lento y te tienes que fletar todo el proyecto sea este de 1 canción o 20 da un mejor resultado, ya que el ordenador trabaja con menos carga de trabajo y es menos propenso a errores, casi todos los DAW's tienen forma de hacer este renderizado lento, puedes probar por ahí.
Pero en ocaciones ademas de estos problemas el rederizado por medio de un algoritmo informatico, ya sea el rapido o lento tiene otro problema baja la calidad audible y muchos ingenieros entre los que me incluyo hemos encontrado que la única opción para evitar esto, es utilizar el convertidor D/A A/D de la interfaz de audio, esto es sacando la señal del DAW por una salida de la interfaz con un cable y meterla de nuevo por una entrada de la misma interfaz, grabandola en otro track del mismo DAW, en un editor de audio o en tu caso en otro DAW.