Prueba a exportarlo como OMF.... (no se si desde fruity loops se puede...)
Ese formato no está disponible en FL studio.
Una pena, ayer hice la prueba de exportar de una versionvieja de sonar en OMF y recuperarla en cubase, impecable, todas las pistas perfectas y en su sitio (Todo menos los plugins, claro)
La cosa es que es muy raro eso que me pasa con un "wav",ojala y salga alguien que sepa si no estoy perdido..
Como haces la importacion? Yo suelo hacer desde el menu de archivo>importar>audio y elegir el archivo directamente, sin indicar el BPM ni nada.