Los parámetros de la frecuencia de muestreo deben ser iguales tanto en la interface como en la configuración del proyecto en cubase...ahora, si tienes algún dispositivo conectado a la interface mediante s/pdif....los tres deberían tener la misma tasa de muestreo...de lo contrario esto te generará problemas de sincronía.
saludos.
Quizás en el panel de control de tu tarjeta cambiaste la fuente de reloj de 'interna' a 'S/PDIF', y por eso no funciona. Para que funcionara con eso, tendrías que conectar un dispositivo a la entrada S/PDIF (vamos, la entrada digital de audio de tu tarjeta) que además funcionara a la misma frecuencia que tu proyecto en cubase.
Un saludo