El problema era el siguiente:
-Supongamos 2 pistas, la pista nº 1 asignada al canal 1 tiene cargada una flauta, y no tiene escrita aún ni el más mínimo evento midi ni controlador, vamos que está absolutamente vacia, entonces programo en el inicio un controlador de volumen 100. La pista 2 asignada al canal 2 tiene cargada un oboe, y si está llena de eventos midi, programaciones y controladores.
-La pista 2 responde como cabría esperar, tanto reproduciendo notas como controladores de volumen, etc, sin embargo la pista uno que tan solo debería entregar el valor de volumen 100 al Kontakt no responde, asignando el valor de volumen que le da la gana, como si hubiera programado controladores fantasma, solo respetando el valor 100 cuando el cursor pasa por ese punto inicial, pero no cuando damos al stop, o iniciamos la reproducción en el compás 2.
Solución:
-Llevo trabajando con midi desde hace unos 17 años, y ahora me entero que desde una pista midi asignada a un canal midi, se puede enviar controladores a un distinto canal midi. Cuando seleccionamos un mensaje de controlador midi programado, pongamos por ejemplo un controlador de volumen, este como dato 1 tiene el valor del volumen, pero luego hay un segundo dato que es el canal. Pues en mi ejemplo anterior, tenía en la pista 2 escritos controladores de volumen enviando ordenes al canal 1, por eso había cambios de volumen en ese canal aunque su pista estaba vacia. Es fácil cometer este tipo de errores cuando en un proyecto grande copiamos eventos de una pista a otra. La solución es controlar que en cada pista midi los controladores envíen datos solo a su canal.
Me extraña que este problema no sea más común, había buscado en foros en español y en inglés y a parte de que era poca la gente que había tenido este problema, nadie conocía la solución. En fin, se acabó la locura, espero...