Cuesta entender tu problema tal y como lo has descrito. En cualquier caso, me "lanzo": lo más normal es que la salida de audio de tu ordenador sea estéreo, por tanto si la enchufas a uno de los canales 1 a 4, no puede funcionar bien porque esos canales sólo entienden señales mono. El "plug" de entrada a la mesa puede ser TS o TRS, dependiendo de si entra señal balanceada o no balanceada, respectivamente, pero la señal que le está llegando tiene que ser mono.
Si la salida del ordenador es estéreo, entonces puedes buscarte un cable con el mini-estéreo que sale del ordenador y se divide en dos cables que acaban en dos conectores RCA, que colocas cada uno en cada una de las entradas L y R del 2-TRACK IN. O bien, si quieres tener cierto control de ecualización con la mesa, un cable que se divide en dos que acaban en conectores TS, que colocas cada uno en cada una de las entradas L y R del canal 5/6 (o del canal 7/8 ).
Por otra parte ¿es la QX1204, no la QX1204 USB?