Es muy raro lo que te ocurre...
Prueba una cosa... si en lugar de modificar la EQ con la controladora, lo haces con el mouse, notas cambios? Puedes tratar de re-configurar las salidas de audio para dejar solamente una (la de salida integrada de la controladora) y ver así si te ocurre igual.
Estoy sospechando que quizás tienes invertidas las salidas de cascos y altavoces y en Virtualdj hay una opción para activar o desactivar la EQ en auriculares, mira que no sea eso.
También en las opciones de virtualdj puedes escoger el tipo de corte de la EQ, antes de liarme a tocar nada "gordo" miraría en la configuración de virtualdj todo lo relacionado con la ecualización.
Veo que tienes 4 canales de la American Audio configurados como decks usando su tarjeta interna, pero usas la tarjeta de sonido integrada del pc para sacar audio por los altavoces, imagino que lo harás para capturar el audio en tus emisiones en directo, por eso sigo sospechando que quizás tengas desactivada la opción de EQ on headphones o algo similar...
Seguro que es una tontería, ya verás...