Lo primero sería ver si lo has grabado correctamente, el problema que dices se puede deber a muchas cosas, pero vamos, imaginemos que está más o menos decentemente grabado y queremos arreglarlo en la mezcla. Prueba a hacer todas o varias cosas de estas:
-Recorta las frecuencias de menos de 40 hz tanto en el bajo como en el bombo, con un filtro pasa altos
-En el bombo atenúa con una Q media-alta las frecuencias en torno a 250-500 hz, en esta zona el bombo se enturbia bastante
-En el bombo también, atenúa mucho con una Q muy alta en 156 hz, para que en esa zona respire el bajo
-Comprime mucho el bajo, con un limitador o con un compresor con relación de compresión muy alta (incluso 40:1), así el ataque del bajo no sobresale y sonará más compacto.
-Del resto de frecuencias de la zona 80-200hz, prueba a realzar una en el bajo y a atenuar la misma en el bombo (o viceversa)
-Manda a un mismo subgrupo tanto el bajo como el bombo, y comprímelos allí, para que se compacten un poco más
-Recuerda que tanto el bombo como el bajo tienen rango en la zona media-alta de frecuencias, puedes realzar allí uno de los dos, para que se defina un poco más...
En fin, hay más formas de hacerlo, pero estas son algunas de las más fáciles por donde empezar. Prueba a ver qué pasa... de todas formas lo de mezclar bombo y bajo es casi una asignatura para toda la vida, siempre se aprende algo...