Cuando dicer "efecto" te refieres a algo que tienes insertado en la pista original?
¿Al pegar, te sale un mensaje que viene a decir algo parecido a esto: "The project contains events that use the same audio material as the event in this editor! Press "new version" if processiong should apply only to the editor event"?
Imagino que si pegas y pulsas "Nueva versión", el Nuendo no considerará el evento recién pegado como una "referencia" al anterior y así no le aplicará los efectos que le pongas al evento original.
si el efecto ya esta en el audio, es obvio q al copiar el audio te va a copiar con el efecto. pero si el audio esta sin efecto, entonces revisa si en la pista q estas copiando, tambien tiene los efectos, porque cuando copias una pista, esta tambien copia los efectos y ajustes que tenga la otra pista.
Saludos