Hola enlacedeinvierno:
En Finale 2011 debes activar la herramienta "Staff Tool" y seleccionar el pentagrama quieres ocultar, en tu caso el del bajo. Después despliega el menu "Staff" y elige la opción Hide Empty Staves. Verás que se oculta el pentagrama seleccionado en aquellos sistemas en que todos los compases de ese pentagrama estén vacíos. Cerciórate de que los compases están realmente vacíos ya que si lo que tienen son silencios, no se ocultarán.
Si la versión de Finale es otra y no te funciona como te indico, di qué versión utilizas para que tratemos de ayudarte.
Saludos.