Hola. No tengo la experiencia directa que buscas, pero espero que mis reflexiones puedan serte de ayuda.
El ISRC está asociado a grabación de una obra, no a la obra. Quiero decir, que de una misma canción puede haber varias grabaciones y cada una tendrá su IRSC. La entidad que gestiona derechos de grabación (derechos de los productores de fonogramas) debe ser quien haga el seguimiento del uso de grabaciones, identificadas por su IRSC. En España, AGEDI. Y entonces entiendo que lo importante es que AGEDI tenga bien identificados los ISRC. No tanto que SGAE los tenga bien identificados. Por otra parte, todas estas sociedades de gestión colectiva de derechos de PI suelen tener acuerdos para facilitarse su labor. De hecho, hay uno para que SGAE gestione los derechos de los socios de AGEDI y AIE:
http://www.agedi-aie.es/oficina-de-prensa/309-agedi-y-aie-firman-un-acuerdo-de-colaboracion-con-sgae. De forma similar, PRS tiene uno con PPL (PPL sería como la suma AGEDI + AIE).
Es verdad que PRS tiene un sistema que permite que los autores añadan “on-line” todos los ISRC que se vayan generando por grabaciones de sus obras. Pero no sé hasta qué punto eso pueda ser una ventaja que tú notes. Otra cosa es si, adicionalmente, PRS+PPL funciona mejor que SGAE+AGEDI+AIE.
También es verdad que hasta ahora eso podía influir poco porque en cada país era prácticamente una única sociedad (una por tipo de derecho de PI) la que gestionaba esos derechos. Y las sociedades de otros países tenían que llegar a acuerdos de reciprocidad para que en cada país dado, esa sociedad gestionara los derechos de sus socios. Quiero decir: si eras socio de PRS, en España tus derechos de autor los seguía gestionando SGAE, los de intérprete, AIE, los de productor (en el sentido de la LPI, es decir quien paga la grabación), AGEDI, etc. Lo mismo, con sus sociedades respectivas, en Francia, Suecia, etc... Y luego, por esos acuerdos recíprocos cada sociedad le daría lo correspondiente a PRS para que te lo diera a ti. Eso cambiará con la entrada en vigor de la Directiva 2014/26, que en España se ha transpuesto hace poco, mediante el Real Decreto-Ley 2/2018. Esa directiva obliga a cada país de la UE a permitir que entidades de otros países (sean de la UE o no) gestionen directamente los derechos. Y además abre la posibilidad a una figura de empresas privadas que gestionen colectivamente derechos de quienes se los quieran confiar, sin tener las limitaciones que tienen las entidades actuales, que deben ser sin ánimo de lucro y ser asociaciones (por tanto, que deben tomar las decisiones según quieran sus socios).