No hay una "opción" en concreto. Si tu melodia se encuentra en su mayoria del C5 para abajo, se exportará en Clave de Fa. De lo contrario se exportará en clave de Sol.
La solución rápida es que desplazes la melodia una o 2 octavas hacia abajo hasta que cumplas la condición anterior.
Otra cosa que puedes hacer es, te copias la melodia del piano roll de tu instrumento hacia un sample o canal de instrumento vacío para conservar la melodia del instrumento intacta, y desde ese "canal fantasma" la desplazas hacia abajo para exportar en clave de fa.
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Muchas gracias SG-Bass, Me Funciono de la forma que me indicaste.