Bueno ya que parece que nadie ha tenido este problema, ne autocontesto despues de investigar.
Lo he podido arrelar con el Voxengo Sound Delay, he insertado un bus donde ruteo todos los canales de reaper alli y en los fx de ese bus pongo el Voxengo Audio Delay, para saber cuantos samples tengo que retrasar el audio hago una grabación del sinte descuadrada tal y como suena. Luego hago una selección desde el principio del Beat hasta que entra el audio retrasado, le digo a Reaper que me indique el tamaño de esa selección en samples ese valor lo introduzco en el Voxengo Audio Delay, por ultimo hago una escucha y reajusto el delay si es que hace falta en unos pocos samples.
Por último ya puedo ajustar el preset del sinte hard como me parezca, grabo y reajusto su posición ya que al grabar me conserva cierta latencia (esto no se si se podria hacer que reaper no lo tuviera en cuenta).
Por último ya puedo eliminar el Voxengo Audio Delay o by-pasarlo por si quiero hacer una grabación posterior.
Si alguien conoce otro metodo más sencillo pues que lo diga.