Al otro dia quize continuar con mi proyecto en Reaper y al querer añadir un nuevo plugin paso el mismo problema, espere los 2 minutos aprox a que se descongelara el programa y segui trabajando en el proyecto.
Por lo que pude deducir este problema solo lo hace la primera vez que apreto en cualquier boton de FX, y luego de que se descongela el programa puedo seguir agregando plugins con normalidad y rapidisimo (sin esperar esos 2 minutos). Queria aclarar que esto ultimo que acabo de mensionar se cumple si es que no cierro y vuelvo a abrir Reaper.
Intente ya de todo (menos formatear la PC). Desinstale Reaper y lo volvi a intalar, elimine sus carpetas de Archivos de Programas y Archivos de Programas (x86), tambien elimine todo rastro de Reaper desde "Regedit". Nada funciona y la verdad no quiero formatear mi pc ya que trabajo con ella todos los dias y no puedo darme el lujo de perder un dia sin utilizarla para trabajar mientras instalo Windows de cero.
Hace ya mas de un año que vengo con este problema, espero me puedan dar una mano!