Bueno, es algo sencillo, yo lo he hecho siempre con una TC 6000, asi que con la tuya deberia poderse tambien (mira el manual de todos modos).
Lo primero es comunicar los dos sistemas via midi que envien y reciban de cada uno.
Abre el midi studio en Protools y checkea que los dos sistemas tienen comunicacion, y dales un nombre.
Luego creas una pista midi en protools, le dices que el modo de vision sea "sysex" y le asignas la entrada que reciba de la TC y la salida que vaya a la TC.
En el TC M3000 deberías tener una opción llamada "dump", que lo que hace es volcar la escena, o preset que tengas cargada en ese momento via midi.
solo tienes que poner a grabar la pista MIDI y mientras estás grabando, darle al "dump" en la TC. Verás como en la pista midi se crea un pequeño bloque. Eso contiene los datos de tu preset.
Ponlo al principio del tema y cambia el preset de la TC, haz play y la TC debería leer directamente los datos midi.
Bueno, eso es basicamente la teoría, ahora pegate con el sistema
Un saludo!