Hola!
Si tienes bién el "time selection" y usas esa opción al exportar y pasa eso, es quizá al importar de nuevo al proyecto si tienes alguna indicación (o varias) de BPM, me refiero a la barra donde pones los marcadores, no al BPM general del proyecto.
Me pasó algo parecido, variaban las pistas exportadas hasta que descubrí que si lo importas a un proyecto con cambios de BPM se vuelve loco y hace esas cosas raras...
Si es el caso que tienes cambios de BPM, o incluso sin cambios, solo con que tengas un BPM insertado al principio en la barra (repito no el bpm general del project settings), pasa esto.
Prueba a importar esos archivos renderizados a un proyecto nuevo "limpio" sin cambios ni indicaciones de bpm excepto la bpm correcta antes de importarlos, desde el project settings.
Saludos