Nunca he usado el Logic pero por lo que se ve parece una deriva importante y constante
Yo te recomendaba antes de llevarlo al SAT hacer una prueba en carne viva, es decir salida de audio a mesa/pantallas, accionar el propio teclado y con un afinador acústico medir la afinación, es decir como si fuera una guitarra.
De esta manera, si persiste es que está dentro del sinte (HW o OS), y si no es que son los datos que llegan de algún sitio, ¿no?
Ánimo