Los bajos suelen tener un pico en 100-110 hz.
La nota "La" grave.
Además es una frecuencia que suele resonar bastante en las configuraciones de los monitores.
Mira bien que no sean tus escuchas o el entorno lo que aumenta esa frecuencia.
Y en la mezcla, si puedes, escucha el bajo cada vez que suena un La, y tal vez compruebes que efectivamente suena más alto. O tal vez no solo pero sí en conjunto con el bombo, unas cuerdas o pads con graves, o algo similar.
Sobre que lo escuches con un programa y con otro no, depende de como suene cada programa, de si tienes algún eq insertado, etc.