Hola,
Yo me rompí bastante la cabeza con esto. Te explico como lo hago, igual alguien lo sabe hacer más sencillo.
Cambiar el número de canales de salida y asignarles instrumentos es fácil: En la parte de arriba hay un botón que pone Outputs. Si lo aprietas te salen los canales de salida y de auxiliares que tienes en este momento. Si seleccionas uno de salida lo puedes borrar, asignarle las salidas de la tarjeta, el tipo de salida (stereo, 5.1, ...). Luego dentro de la configuración básica de cada instrumento, debajo del nombre, le asignas el Output que quieras.
Ahora viene lo liado. El problema que me encontraba yo es que los cambios al añadir, borrar o cambiar canales no se reflejan en el mezclador de Cubase, por lo que en la práctica hacía inútil los cambios. De hecho, al cerrar y volver abrir el proyecto en cuestión salía un error indicándome que los canales de kontaktII y los de Cubase no se correspondían. La única manera que he encontrado de poder trabajar con canales personalizados es apretar la tecla Make Default en rojo dentro de la ventana de Outputs de kontakt. Después se cierra y se vuelve a abrir el proyecto y ya se ven los canales sincronizados.
Si alguien sabe alguna manera mejor, pues bien. Si no, puedes probar esta.
Suerte