Te respondí aquí a lo segundo:
https://www.hispasonic.com/foros/como-convertir-grupo-notas-existentes-tresillos/252008/pagina2#post3443929
En la importación del midi debes ajustar la notación mínima. Debes marcar la opción de tresillos simple, al menos.
Por otro lado, ¿puede ser que en cubase tengas una "interpretación" shuffle, pero que las notas midi sean corcheas (suponiendo estas como unidad mínima, si no semicorcheas)? Si es así cuantiza el tema a corchea (o semicorchea) de tresillo para que la importación sea fiable.
Y por último. Hasta donde mi experiencia llega, la mayoría de temas shuffle se pueden escribir a corchea regular e indicar "shuffle" al inicio. Algo así como "swing" en las partituras de jazz, que no exige ni mucho menos escribir la interpretación "atresillada", ya que se da por supuesta (eso contando con que según el estilo el swing puede ser más o menos marcado).
Ejemplo (
tema de Mark Sabatella, creado con Musescore):