Es una cuestión de impedancias, Los instrumentos de cuerda electricos son de alta impedancia, los micros de baja y las mesas tb de baja. Si pones una guitarra directa no concuerdan y sonará mal, muy apagado.
Esto no lo solucionas ni com amplitube ni con ningún plugin.
Como te dice variara, hay algunas cajas muy baratitas que te pueden hacer el apaño. O sea tendrás que grabar de nuevo el bajo.
No sé si el guitar pod te cambia impedancias supongo que sí, eso lo sabrá alguien del foro seguro, pero si es que no, tendrás que poner tb la caja de inyección, aunque supongo que actua como un ampli, no lo conozco.
Saludos