No creo que sea cuestión de reparar permisos, me temo que debes volver a la versión anterior, hay que asegurarse antes de actualizar nada, no es que sea Pro Tools delicado, es que ellos no pueden saber lo que van a tocar los de Apple cuando hacen una nueva versión, es por ello que tienen un apartado en su web donde te informan de cuando puedes actualizar tu Mac y COMO debes hacerlo:
http://www.digidesign.com/index.cfm?lan ... emid=22904
Aqui explican, por ejemplo, que han testeado el 10.4.10 y da problemas (no siempre) al arrancar Pro Tools.
Para volver atrás, a 10.4.9, por ejemplo, se que se puede, pero ahora mismo no me acuerdo de los pasos, recuerdo que no es sencillo y corres algún peligro, si no haces copias de seguridad, de perder datos, búsca en Macuarium, si no lo consigues, intentaré recordarlo, que esto sirva para NO ACTUALIZAR A LA AVENTURA, y cuando te aseguren que es compatible, actualizar correctamente, nunca con el actualizador automático, siempre Combo, reparar permisos, arrancar sin extensiones, instalar, reiniciar normalmente, volver a reparar permisos y a funcionar, parece un poco coñazo, pero son cinco minutos y te aseguras de que todo irá bien.
Un saludo