Pro Tools antes solo funcionaba con las trajetas/interfaces de su propia marca Avid. También funcionaba con las M-Audio. Pero a partir de Pro Tools 10, ya puedes usar Pro Tools con cualquier interfaz, como pasa con todos los otros DAW conocidos. Aunque no me queda claro si es así con el HDX, que diría que no es ql que tienes tu.
Dicho esto, las interfaces no tienen problemas de compatibilidad con ningún DAW y viceversa. Sí pueden tener problemas con algunos sistemas operativos, por cuestiones de actualización de drivers, pero eso lo puedes comprobar en la web de la marca.