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Hola. Sí, puedes tocar con los sonidos de los instrumentos virtuales que tengas con el Logic. Esos instrumentos virtuales son disparados por el MIDI, que no es sonido, es un tipo de señal que controla generadores de sonido. Generadores de sonido como son esos instrumentos virtuales, como módulos de sonido, como un teclado que tenga sonidos, etc.
El sonido de los instrumentos virtuales se genera dentro del ordenador, donde se convierte a sonido por la tarjeta de sonido que trae incorporada (la misma que te permite oir un video de youtube o un MP3, por ejemplo). Por tanto, lo que necesitas amplificar es el sonido que sale del ordenador.