La respuesta es sin duda "USB", ahora voy a fundamentar mi respuesta.
La realidad es que PCI o PCI-E es el puerto con mas ancho de banda y el mas confiable, pero hoy en día hay que analizarlo de la siguiente forma:
Lo primero es que a fecha de hoy la estabilidad de las interfaces USB y Firewire no tienen nada que envidiar a PCI o PCI-E, tienes gran cantidad de interfaces tanto USB como Firewire que funcionan bastante bien y por no viene al caso preocuparse de la estabilidad del PCI.
Claro que PCI tiene mayor ancho de banda, pero, tampoco necesitas todo ese ancho de banda, con el ancho de banda de USB y Firewire es mas que suficiente para la mayor cantidad de interfaces.
Entonces cuando se hace necesario utilizar PCI?, pues cuando tengas una gran cantidad de canales, es decir para tarjetas con entradas y salidas digital que pueden manejar muchos canales simultaneos, estamos hablando de ADAT, y si instalas una PCI con ADAT para tener mayor cantidad de canales, pues necesitaras conversores, necesitaras previos, al final la solución completa es mucho mas cara, pero como digo mas atrás es para otro tipo de requerimientos, en definitiva tu no tienes necesidad de tanto ancho de banda.
El tema con PCI y PCI-E es que ya no se están fabricando interfaces para uso en home studio o estudio pequeño, todos los productos que encuentres en el mercado podríamos decir que tienen como 10 años, y hay interfaces que son muy buenas, pero si tomas en cuenta que ya no se están fabricando en favor de las interfaces externas, pues eso quiere decir que ya no habrá desarrollo de nuevos drivers, con el tiempo perderán soporte y a medida que comiencen a aparecer nuevos sistemas operativos (windows 8 está anunciado para el próximo año) te encontraras con la sorpresa de que no tendrás driver, en fin, a futuro será todo un drama.
Al otro lado está firewire, pues no hay mucho que decir, este puerto fue dejado de lado por la industria, hoy en día ya no se fabrican PC con este puerto, por lo tanto si te compras una Firewire, al momento de actualizarte y comprar un nuevo PC pues no tendrás donde conectarla, así mismo ya no se desarrollaran drivers, a mi me paso a mi con una Presonus firebox, que no querían sacar drivers para windows 7, al final los usuarios hicieron tanta presión que finalmente sacaron los driver para win 7, pero ya es un producto descontinuado, y cualquier interfaz firewire es a facha de hoy un producto descontinuado, pronto ya no tendrás soporte técnico, ni drivers, es decir no es opcion firewire.
USB es la única opción razonable que queda, el puerto tiene para rato, se acaba de actualizar a la versión 3 con mayor ancho de banda, así que tiene para unos años mas. Se siguen desarrollando nuevas interfaces USB, así que el mercado está bastante vivo, se actualizan los drivers constantemente y se ha logrado una estabilidad bastante buena.
Ahora bien, Apple acaba de sacar un nuevo puerto, el thunderbolt, que no me extrañaría que comenzaran a aparecer interfaces con ese puerto, pero te aseguro que ese puerto no lo comenzaras a ver en pc hasta dentro de un buen tiempo (o por lo menos con ese nombre, tema de licencias de por medio) y ni los dispositivos ni los PC con ese puerto llegaran a ser baratos (por lo mismo de las licencias).
Bueno te quedan dudas? USB y ya, no hay mas vuelta que darle.
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DIOOOOOOSSSSSS. La única diferencia entre esos tipos de conexiones es la cantidad de transferencia de datos k soporta cada una. Es decir, por ejemplo una targeta de mas de 4 previos con una calidad aceptable (24 o 32 bits) no podra ser usb2.0 pork el usb no llega a transferir tanta cantidad de datos. Tb puedes tener en cuenta la duración en el tiempo en k se van a seguir fabricando la conexion que hayas elegido en los ordenadores nuevos k vayan saliendo. El thunderbolt y el usb 3.0 en mi humilde opinion se van acabar por comer el firewire.
