Si no necesitas portabilidad ni la vas a necesitar en un futuro escoge PCI. Por drivers, estabilidad y velocidad.
Salud
Pues la diferencia basica es que la PCI la tienes que conectar a la placa del ordenador, mientras que la USB solo tienes que enchufarla a la entrada USB.
Ventajas del USB: puedes cambiar la tarjeta a otro ordenador con solo desenchufarla, y la PCI tienes que desmontarla de la placa.
Yo no se si la calidad de sonido varia. Siempre he pensado que daban mejor resultado las PCI, pero hoy en dia creo que es practicamente lo mismo. De hecho, ya casi no se fabrican PCIs, ahora son todas firewire o USB.
Eso si, algo mas rapida si que debe ser la PCI.