Para este tipo de partituras de la manera que quieres editarlo los mejores programas son MuseScore o Lilypond.
Si quieres hacerlo en MuseScore es mucho más fácil
https://musescore.org/en/handbook/early-music-features
En Sibelius tendrás que falsear con varios trucos la notación. Para este caso concreto yo haría lo siguiente:
1. Escribir con las duraciones con ligadura al estilo "moderno".
2. Aquellos valores que saltan la línea de compás ocultarlos para crear una notación por encima.
3. Crear una corchea con puntillo en la voz 2, seleccionar el corchete y ocultarlo Ctrl+May+H. Aparecerán silencios, no pasa nada, los quitamos en el siguiente paso.
4. Una vez falseados todas las duraciones que pasan la barra de compás hacer un filtro de la voz 2 (Ctrl+Alt+May+2) en Propiedades desactivar la reproducción (si esto es importante) Filtrar>Silencios y Supr.
Si los valores son de blanca o redonda lo mejor es crear cabezas de notas especiales. En Notaciones>Cabezas>Nuevo y cambias la cabeza de negra por la de blanca y la blanca por redonda, por ejemplo. Cuando quieras que aparezca una blanca en vez de las dos negras ligadas, cambias a ese estilo de cabeza y la partitura mostrará una blanca.
Algo parecido puede hacerse con las figuras con silencio, pero es más trabajoso al tener que editar símbolos.
El ejemplo mostrando el resultado
y el trabajo oculto
El mismo ejemplo en MuseScore aquí no es necesario falsear sino activar la opción y listo.