No se que tipo de estilo pinchas, pero vamos yo mas que grabarlos me los intentaria bajar en formato digital si han salido disponibles.
Supongo que teniendo la copia original del vinilo no es ninguna ilegalidad bajarselos y en el caso del foro decirte que te los bajes.
(si es ilegal o va en contra de las leyes del foro, please, delete it).
Para grabar tus vinilos puedes usar cualquier editor de audio, yo uso Sound Studio creo recordar que tiene version free totalmente funcional.
para grabar uso el traktor, ya que te graba directamente en wav.
la chuleta para los temas la puedes dejar en el mismo browser, puedes habilitar un espacio que pone comment, donde tienes el tema en si, y ahi puedes escribir lo que necesites (muy útil por cierto)
O, como bien dices, usar puntos CUE para saber cuando viene un subidon o bajon. En traktor puedes poner puntos CUES normales o cambiarlos por otros (fade in, fade out, etc). Puedes poner diferentes para diferenciar entre subidon, bajon, etc. Pongas el que pongas, tambien lo puedes usar como punto CUE habitual. No se si me entendereis XD