Bueno esto es en parte debido al instrumento que estés utilizando.
¿Cúal utilizas?
Puedes probar a montar un poko los sonidos que se cortan bruscamente, pero lo suyo seria editar ese sonido y acerle un fade in/out o quitarle un poko de fuerza al final y al principio. Yo hace años que no uso el FLStudio pero creo recordar que pinchando doble click sobre el nombre del instrumentos que utilizas te sale una ventana en la que puedes editar esas cosas. Tambien puedes probar a meter algun efecto, un poco de reverb o algo. Yo creo que por hay van los tiros, espero serte de ayuda.
Un saludO.
Bueno como no explicas si lo que estas secuenciando es un sample o bien un instrumento virtual, lo único que te puedo decir es:
si estás utilizando un instrumento virtual y este tiene ADSR sube un poco los botones "Sustain" o "Release" para darle mas profundidad y decaimiento al sonido en cuestion.
si lo que utilizas es un sample pues aplica lo que ya te ha dicho Rese, edita ese sample y hazle un "Fade Out" o alguna cosa similar.
No se si esto te valdrá de algo, es que ya te digo no se muy bien que es lo que estás utilizando.
Un saludo arketin.