Yo no conozco los pormenores de la cuestión, si existe realmente alguna diferencia entre aiff y wav, pero por lo que yo he podido entender ambos son formatos de audio sin comprimir, por lo tanto no me parece del todo extraño lo que cuentas... lo que no podría pasar con archivos ape, mp3, etc, ya que son archivos de audio comprimidos.
Para empezar, decir q no tengo ni idea de las diferencias internas entre aiff y wav.
Pero si se, q hay programas mas "inteligentes" q otros a la hora de abrir un archivo. Mientras uno se basan en la extension, otros leen la cabecera del fichero y aplican correctamente el codec correspondiente, sea cual sea la extension q hayas puesto.
tranqui el mac abre los archivos basandose en los metadatos del fichero , no en la extension ...asi que si se te olvida ponersela no pasa nada.