Buenas tardes livam:
A veces el tener los instrumentos en el mismo canal da problemas al reproducir el sonido. Por ello yo suelo siempre asignar un canal a cada pentagrama. Mira a ver si haciendo esto te suenan los tres clarinetes.
Comprueba tambien, en el mixer, que no estan activadas, en alguno de los instrumentos, las opciones "Solo" (No sonarian el resto de los instrumentos) o "Mute" (No suenan los que tengan activada esta opcion).
En cuanto a lo que en un mismo pentagrama haya dos voces y solo suene una de ellas, la verdad es que no tengo ni idea del motivo aunque tiene pinta de ser un problema de programa . A ver si algun entendido nos lo aclara.
Por cierto, es interesante que indiques que version de Finale utilizas.
Saludos