Para activar los crossfades automáticos en Sonar deberás activar el botón correspondiente o pulsar la tecla "X".
La verdad es que me pierdo un poco con todo lo que dices. Si no es eso, explícate un poco mejor para entenderte al 100%.
Por cierto, lo que dices de "fusionar el antiguo y el nuevo" creo recordar que sale en Opciones/Global/Pestaña de Edición; aunque también puedes verlo cada vez que vas a pegar uno o varios clips en el cuadro de diálogo que te sale (tendrás que ir a Opciones Avanzadas de ese cuadro). Pero eso no te soluciona lo que preguntas.
En esa misma pestaña puedes ver la opción en "Clips" de "superponer clips de audio con fundido de cruzado", que es lo mismo que harías pulsando la tecla "X" como te dije antes.
Saludos