Creo que no acabo de entender el problema.
El hecho de que tu guitarra esté afinada en otro tono no tiene nada que ver, me refiero, si haces un acorde abierto por ejemplo, tu ya sabes que está en bemol, y en consecuencia lo que tendrás que tocar, en un teclado midi por ejemplo, será tal escala que le corresponda.
Si lo que quieres es no tener que hacer estos cambios de escala mentalmente, pues si, utiliza el transpose. No sé qué problema te estará dando en este caso, mira cuantos semitonos de diferencia hay (moviendo las notas de la pista midi hasta que suene bien por ejemplo) y cámbialo.
Si el controlador tiene el transpose activado, y de ahí viene el problema, simplemente mira que notas registra la pista midi cuando tocas y si están por encima o debajo de lo que realmente tocas, pues ese sería el problema.
La verdad es que no creo que lo que te acabo de poner te sirva de ayuda, porque todo esto ya lo sabrás, pero es que no entiendo a qué te refieres exactamente.