Yo culparía derechamente al cable MIDI USB.
Por lo general esos cables dan problemas (no en todas) en algunas ocasiones y en algunas configuraciones.
Probaría con un convertidor MIDI USB de mejor calidad o de ser posible con alguna interface MIDI que te permitiera trabajar sin contratiempos.
Prueba a cambiar de puerto USB con alguno que tuviera mejor desempeño o mayor prioridad sobre otros dispositivos.