Hola tarkaro, por lo que dices parece que tienes algún problema con las fuentes que usa sibelius. ¿Has mirado en House Style -> Edit all fonts? En ese cuadro de diálogo aparecen las que se utilizan por defecto para cada tipo de texto. Quizá alguna (probablemente Main music font) no sea la correcta.
Un saludo
Gracias a ambos, intentaré probar lo que me aconsejan, saludos.