Sin conocer tu archivo, puede ser mil cosas. No sólo puedes programar un comportamiento automático muy específico en cuanto a saltos de sistema, posición de textos, distancia entre pentagramas, justificación de compases o pentagramas, etc. si no que si hay agregados cambios manuales la maquetación se complica enormemente. Yo haría un reseteado de toda maquetación manual y empezaría por ajustar las posiciones por defecto de todo: objetos pentagramas y sistemas. Puedes probar a usar algún "estilo de la casa" que sea de tu gusto, hay muchos que son propios de ciertos estilos de escritura.
Repasa las opciones de maquetación y apariencia. Ahí tienes multitud de herramientas al respecto.
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